Un anno dopo la loro battaglia contro Shredder e Eric Sacks, finiti in prigione, le Tartarughe Ninja continuano a vivere nell'ombra e hanno lasciato a Vern Fenwick il merito della sconfitta di Shredder. Quando Shredder viene trasferito in un’altra prigione dall'ufficiale Casey Jones, il suo Clan del Piede, che ora opera sotto la direzione dello scienziato Baxter Stockman, attacca il convoglio che lo sta trasportando. Le tartarughe, avvertite da April O'Neil, intervengono. Stockman aiuta Shredder a fuggire con un apparecchio per il teletrasporto, ma Shredder viene dirottato e finisce in un'altra dimensione, dove il signore della guerra alieno Krang gli fornisce un mutageno in cambio della promessa di trovare tre componenti di una macchina che mandò sulla Terra in epoche passate. Riuniti i tre componenti, la macchina gli permetterà di aprire un portale tra le due dimensioni.